অ্যামিকাসিন সংবেদনশীল গ্রাম-নেগেটিভ ব্যাকটেরিয়া দ্বারা সৃষ্ট গুরুতর সংক্রমণের স্বল্পমেয়াদি চিকিৎসায় ব্যবহার করা হয়। এটি ব্যাকটেরিয়াল সেপটিসেমিয়া, নবজাতকের সেপসিসসহ, শ্বাসতন্ত্রের গুরুতর সংক্রমণ, হাড় ও জয়েন্টের সংক্রমণ, কেন্দ্রীয় স্নায়ুতন্ত্রের সংক্রমণ যেমন মেনিনজাইটিস, এবং ত্বক ও নরম টিস্যুর সংক্রমণে কার্যকর। এছাড়াও এটি পেটের ভেতরের সংক্রমণ যেমন পেরিটোনাইটিস, পোড়া ঘা, এবং অস্ত্রোপচারের পরবর্তী সংক্রমণ, বিশেষ করে রক্তনালীর অস্ত্রোপচারের পর হওয়া সংক্রমণে ব্যবহৃত হয়। ক্লিনিক্যাল গবেষণায় আরও দেখা গেছে যে, এসব জীবাণু দ্বারা সৃষ্ট গুরুতর, জটিল এবং পুনরাবৃত্ত মূত্রনালির সংক্রমণেও অ্যামিকাসিন কার্যকর।
জেন্টামাইসিন এবং/অথবা টোব্রামাইসিন-প্রতিরোধী গ্রাম-নেগেটিভ জীবাণু দ্বারা সৃষ্ট সংক্রমণেও অ্যামিকাসিন কার্যকর প্রমাণিত হয়েছে, বিশেষ করে Proteus rettgeri, Providencia stuartii, Serratia marcescens, এবং Pseudomonas aeruginosa এর ক্ষেত্রে।
স্ট্যাফাইলোকক্কাল সংক্রমণেও অ্যামিকাসিন কার্যকর বলে প্রমাণিত হয়েছে। নির্দিষ্ট কিছু পরিস্থিতিতে, যেখানে স্ট্যাফাইলোকক্কাল রোগ নিশ্চিত বা সন্দেহজনক, সেখানে এটি প্রাথমিক চিকিৎসা হিসেবে বিবেচিত হতে পারে, বিশেষত যখন গুরুতর সংক্রমণের কারণ গ্রাম-নেগেটিভ ব্যাকটেরিয়া অথবা স্ট্যাফাইলোকক্কাস—যেকোনো একটি হতে পারে।