ভ্যানকোমাইসিন প্রাণঘাতী হতে পারে এমন সংক্রমণে নির্দেশিত, যেখানে পেনিসিলিন ও সেফালোস্পোরিনসহ অন্যান্য কার্যকর ও কম বিষাক্ত অ্যান্টিমাইক্রোবিয়াল ওষুধ দিয়ে চিকিৎসা করা যায় না।
যেসব রোগী পেনিসিলিন ও সেফালোস্পোরিন গ্রহণ করতে পারেন না বা যাদের ক্ষেত্রে এগুলো কার্যকর হয়নি, অথবা যাদের স্ট্যাফাইলোকক্কাস ব্যাকটেরিয়া অন্যান্য অ্যান্টিবায়োটিক প্রতিরোধী, তাদের গুরুতর সংক্রমণে এটি ব্যবহৃত হয়।
এটি এন্ডোকার্ডাইটিস চিকিৎসায় ব্যবহৃত হয় এবং ডেন্টাল বা সার্জিক্যাল প্রক্রিয়ার আগে এন্ডোকার্ডাইটিস প্রতিরোধে ব্যবহৃত হয়।
অস্টিওমাইলাইটিস, নিউমোনিয়া, সেপটিসেমিয়া এবং সফট টিস্যু সংক্রমণসহ অন্যান্য স্ট্যাফাইলোকক্কাল সংক্রমণে এর কার্যকারিতা প্রমাণিত হয়েছে।