মারক্যাপ্টোপুরিন সমন্বিত চিকিৎসা পদ্ধতির অংশ হিসেবে অ্যাকিউট লিম্ফ্যাটিক (লিম্ফোসাইটিক, লিম্ফোব্লাস্টিক) লিউকেমিয়ার মেইনটেন্যান্স থেরাপিতে ব্যবহারের জন্য নির্দেশিত। এই ওষুধের প্রতিক্রিয়া নির্ভর করে অ্যাকিউট লিম্ফ্যাটিক লিউকেমিয়ার নির্দিষ্ট সাবক্লাসিফিকেশন এবং রোগী শিশু না প্রাপ্তবয়স্ক তার উপর।
মারক্যাপ্টোপুরিন সেন্ট্রাল নার্ভাস সিস্টেম লিউকেমিয়ার প্রতিরোধ বা চিকিৎসায় কার্যকর নয়। এছাড়াও এটি অ্যাকিউট মায়েলোজেনাস লিউকেমিয়া, ক্রনিক লিম্ফ্যাটিক লিউকেমিয়া, লিম্ফোমা (হজকিন’স ডিজিজসহ) বা সলিড টিউমারের ক্ষেত্রে কার্যকর নয়।