মিশ্র-পদার্থের অতিমাত্রার ক্ষেত্রে ফ্লুমাজেনিল ব্যবহার করার সময় বিশেষ সতর্কতা প্রয়োজন, কারণ অতিমাত্রায় নেওয়া অন্যান্য ওষুধের (বিশেষত সাইক্লিক এন্টিডিপ্রেসেন্ট) বিষাক্ত প্রভাব (যেমন খিঁচুনি এবং কার্ডিয়াক ডিসরিথমিয়া) ফ্লুমাজেনিল দ্বারা বেনজোডায়াজেপিন প্রভাব বিপরীত হওয়ার সাথে সাথে প্রকাশ পেতে পারে।
দীর্ঘ সময় ধরে বেনজোডায়াজেপিন চিকিৎসা গ্রহণকারী এপিলেপটিক রোগীদের ক্ষেত্রে ফ্লুমাজেনিল ব্যবহারের সুপারিশ করা হয় না। যদিও ফ্লুমাজেনিল একটি সামান্য অন্তর্নিহিত অ্যান্টিকনভালসেন্ট প্রভাব প্রয়োগ করে, তবুও একটি বেনজোডায়াজেপিন অ্যাগোনিস্টের প্রতিরক্ষামূলক প্রভাবের আকস্মিক দমন এপিলেপটিক রোগীদের খিঁচুনির সৃষ্টি করতে পারে।
বেনজোডায়াজেপিন প্রভাব বিপরীত করার জন্য যেসব রোগী ফ্লুমাজেনিল পেয়েছেন, তাদের ব্যবহার করা বেনজোডায়াজেপিনের ডোজ এবং প্রভাবের সময়কালের ভিত্তিতে উপযুক্ত সময়ের জন্য পুনরায় প্রশমন, শ্বাসযন্ত্রের বিষণ্নতা বা অন্যান্য অবশিষ্ট বেনজোডায়াজেপিন প্রভাবের জন্য পর্যবেক্ষণ করা উচিত। যেহেতু অন্তর্নিহিত হেপাটিক অকার্যকারিতা সম্পন্ন রোগীরা বিলম্বিত বেনজোডায়াজেপিন প্রভাব অনুভব করতে পারেন, তাই একটি বর্ধিত পর্যবেক্ষণ সময়ের প্রয়োজন হতে পারে।
নিউরোমাসকুলার-ব্লকিং এজেন্টের সাথে ফ্লুমাজেনিল ব্যবহার করা হলে, নিউরোমাসকুলার ব্লকেডের প্রভাব সম্পূর্ণরূপে বিপরীত না হওয়া পর্যন্ত এটি ইনজেকশন দেওয়া উচিত নয়।
মাথার আঘাতপ্রাপ্ত রোগীদের ক্ষেত্রে ফ্লুমাজেনিল সতর্কতার সাথে ব্যবহার করা উচিত, কারণ এটি বেনজোডায়াজেপিন গ্রহণকারী রোগীদের খিঁচুনি সৃষ্টি করতে পারে বা সেরিব্রাল রক্ত প্রবাহ পরিবর্তন করতে পারে।
ফ্লুমাজেনিল প্রশাসনের পূর্ববর্তী সপ্তাহগুলিতে যে কোনও সময় বেনজোডায়াজেপিনের উচ্চ মাত্রায় এবং/অথবা দীর্ঘমেয়াদী সংস্পর্শে থাকা রোগীদের দ্রুত ইনজেকশন এড়ানো উচিত, কারণ এটি প্রত্যাহারের লক্ষণ তৈরি করতে পারে, যার মধ্যে অস্থিরতা, উদ্বেগ, মানসিক অস্থিরতা, পাশাপাশি হালকা বিভ্রান্তি এবং সংবেদনশীল বিকৃতি অন্তর্ভুক্ত।
বেনজোডায়াজেপিন নির্ভরতার চিকিৎসা হিসাবে বা দীর্ঘস্থায়ী বেনজোডায়াজেপিন প্রত্যাহার সিন্ড্রোমের ব্যবস্থাপনার জন্য ফ্লুমাজেনিল সুপারিশ করা হয় না।
এক বছরের কম বয়সী শিশুদের মধ্যে সচেতন প্রশমনের বিপরীতকরণের জন্য, শিশুদের অতিমাত্রার ব্যবস্থাপনার জন্য, নবজাতকের পুনরুত্থানের জন্য এবং শিশুদের সাধারণ অ্যানেস্থেশিয়া প্ররোচিত করার জন্য ব্যবহৃত বেনজোডায়াজেপিনের প্রশমক প্রভাবের বিপরীতকরণের জন্য ফ্লুমাজেনিল সতর্কতার সাথে ব্যবহার করা উচিত, কারণ অভিজ্ঞতা সীমিত।